A tojás tárolása fontos szempont, amely befolyásolja ízét és eltarthatóságát. Bár a hűtőszekrény a legkézenfekvőbb hely erre, a hűtőszekrény nem minden része egyformán alkalmas. Erősen ajánlott, hogy ne tároljon tojást az ajtóban, mivel a gyakori hőmérséklet-ingadozások ezen a területen hozzájárulnak a baktériumok gyors szaporodásához.
Az FDA ajánlásai szerint a tojások tárolásának optimális hőmérséklete nem haladja meg a 4 °C-ot. A legtöbb modern hűtőszekrény megfelel ennek a paraméternek, de a legfontosabb a hőmérsékleti stabilitás. A hőmérséklet szempontjából a leghidegebb és legstabilabb hely a polcok hátsó falához közelebb van, nem pedig az ajtó közelében, amely a nyitogatások miatt gyakran hőhatásnak van kitéve.
Bár a hűtőszekrény rövid kinyitása nem melegíti fel azonnal az élelmiszert, ha az ajtót túl sokáig nyitva hagyják, vagy gyakran nyitogatják, a forró levegő végül hatással lesz az élelmiszerre, különösen az ajtóban tárolt élelmiszerekre. A tojáshéj porózus, így a meleg levegő könnyen behatol, ami kedvező környezetet teremt a baktériumok számára 4 °C feletti hőmérsékleten. Ez a termék gyors romlásához vezethet.